Förbundsstyrelsen väljs vart annat år av medlemmarna under Riksöverläggningen. Förbundsstyrelsen bestämmer och planerar övergripande vad Unga Allergiker ska ägna sig åt den kommande tiden. Med hjälp av kansliet driver de sedan Unga Allergikers nationella verksamhet framåt. Förbundsstyrelsen representerar även Unga Allergiker i olika sammanhang.